PMF(ペプチドマスフィンガープリント)法
タンパク質を消化して得られるペプチドのプロファイルを元にデータベースとの照合によりタンパク質同定を行います。
純度の高いタンパク質が得られる場合にお勧めです。
高い純度のタンパク質をトリプシン等の消化酵素で処理すると、酵素の特異性に従ってタンパク質は消化され、個々のタンパク質のアミノ酸配列に応じたペプチドに分解されます。生ずるペプチドの種類は、個々のタンパク質に特有のものですので、得られる複数の消化ペプチドの質量を測定することにより同定が可能となります。
測定・解析の流れを、２次元電気泳動法によって分離されたタンパク質を例として説明します。
- 分析対象とする２次元電気泳動上のタンパク質スポットを切り取る。
- 染色方法に応じた脱色処理をする。
- 還元・アルキル化処理をする。（ジスルフィド結合の形成を抑えるため）
- トリプシンによるインゲル消化を行い、消化ペプチドを抽出する。
- 脱塩処理を行う。（試料中に塩が共存する場合、質量分析のイオン化が抑制される）
- 質量分析を実施し、ペプチドの質量データセットの実測値を得る。
- データベース検索により、タンパク質データベースに存在する個々のタンパク質のトリプシン消化ペプチドの理論値と実測値を比較し、適合率の高いものを選ぶ。
PMF法の原理